El origen de esta procesión, que sale del Santuario del Apóstol San Felipe de Jesús, en la Antigua Guatemala, se remonta a principios del siglo pasado, cuando un grupo de personas entusiastas y devotos, adoptó una imagen nazarena, cuya autoría es desconocida, pero de fina factura escultórica, y ahora con amplia raigambre popular.
La procesión de Jesús Nazareno del Milagro se habría iniciado en la década de 1900 a 1910, según personas de avanzada edad de la aldea de San Felipe de Jesús. En aquella época, un grupo de personas ser reunió para organizar una directiva e iniciar la tradición procesional hacia esta imagen. Sin embargo, por motivos ignorados, este cortejo fue suspendido en 1914. No fue sino hasta 1954 que a iniciativa del J. Antonio Ordóñez y otros entusiastas vecinos de San Felipe que resurgió la hermandad (en ese tiempo llamada sociedad), con la participación de 28 personas. El ambiente era tan favorable, que al mismo tiempo se formó la Sociedad de la Santísima virgen de Dolores, con seis damas, tomando posesión ambas directivas un 26 de mayo de 1954, teniendo para esta época la procesión salía el Miércoles Santo de cada año.
Poco mas de diez años después de su reinicio la procesión de Jesús Nazareno del Milagro cambió de día trasladándose del Miércoles Santo al Lunes Santo; a partir de 1965 se estableció la Velación de la Imagen de Jesús Nazareno del Milagro el día Lunes de Dolores.
Durante la década de 1970 el día de la procesión vuelve a cambiar de día, esta vez se establece el día de la procesión para el Primer Domingo de cuaresma y la velación se traslada al Miércoles de Ceniza, este cambio tuvo un impacto significativo en la devoción de los fieles católicos, porque con esta procesión se inicia el periodo cuaresmal en La Antigua Guatemala, cuya tradición conmemorativa goza de enorme raigambre popular. En esta época se instituyó la velación de la Santísima Virgen de Dolores el primer sábado de Cuaresma.
Para el año 2002 nuevamente se cambia el día del cortejo procesional, esta vez para establecerlo el día Miércoles Santo, dejando las fechas de las velaciones como estaba originalmente. Este cambio le da mayor realce a la procesión ya que se trata de una de las procesiones con las que inicia los cortejos procesionales en la semana mayor en La Antigua Guatemala.
Durante el año 2005, luego de una reestructuración interna en la Iglesia de San Felipe, el día domingo nueve de octubre las Imágenes de Jesús Nazareno del Milagro y Santísima Virgen de Dolores estrenan un nuevo camarín ubicado en el ala izquierda de la Iglesia de San Felipe, el cual es considerado como uno de los más lindos en toda la Antigua Guatemala.
La presencia de esta advocación nazarena ha cobrado creciente arraigo en el corazón y la fe del pueblo católico, no solo de la Antigua Guatemala, sino de todo el país, inclusive fuera de las fronteras nacionales, la mejor muestra de esta afirmación son las plaquetas colocadas en el interior del templo, en las que personas de La Antigua Guatemala, el resto de Guatemala, así como la hermana republica de El Salvador dan testimonio de favores y milagro que han ocurrido en sus vidas o las de sus familiares.
El año 2009 fue un año que será recordado por la feligresía católica y especialmente por los devotos de la Imagen de Jesús Nazareno del Milagro, ya que debido al incremento de hermanos y hermanas cargadoras en el cortejo procesional, el día 8 de abril previo al inicio del Solemne Cortejo Procesional de la Imagen de Jesús Nazareno del Milagro, en una acto muy solemne, el Vicario Episcopal de Sacatepquez y Párroco de la Iglesia de San Felipe de Jesús, Monseñor José Ramiro Pellecer Samayoa en una misa solemne consagró a la Venerada Imagen de Jesús Nazareno del Milagro ante la presencia de fieles devotos, hermanos y hermanas cargadoras y pueblo católico en general, después de tan impresionante acto de fe, se realizó la bendición de la nueva anda procesional para Jesús Nazareno del Milagro que cuenta con 60 brazos, así mismo también la nueva anda procesional para la Santísima Virgen de Dolores, que cuenta con 24 brazos.
La Imagen de Jesús Nazareno del Milagro es una bella imagen de Jesús con la cruz a cuestas, burilada en tiempos de la colonia, pero se desconoce con precisión la fecha y el nombre del autor. Dicha imagen se caracteriza por ser una de las pocas imágenes que tiene cuerpo completo y cuenta con una estatura de 1 metro con 68 centímetros de alto
